Créé en 2010, le Centre Pompidou-Metz est la première expérience originale de décentralisation d’un établissement public culturel national, le Centre Pompidou, réalisée avec l'Eurométropole de Metz
La directrice du Centre Pompidou-Metz est Chiara Parisi, historienne de l'art, nommée pour un mandat de 5 ans à compter du 2 décembre 2019. Conformément au Code général des collectivités territoriales, elle a été nommée par le président du conseil d’administration sur proposition du conseil prise à la majorité des deux tiers. Elle dispose d’une large autonomie en matière culturelle et scientifique.
Il règle par ses délibérations les affaires de l’Etablissement. Il délibère notamment sur les orientations générales de la politique de l'Etablissement sous la forme d’un projet artistique et culturel, le budget, le régime de droits d’entrée et les orientations tarifaires des prestations culturelles. Il est présidé par Laurent Le Bon, président du Centre Pompidou. Le président de Metz Métropole, François Grosdidier, en est le vice-président. Jean-Marie Rausch, ancien ministre et ancien maire de Metz, a reçu le titre de président d’honneur du Centre Pompidou-Metz. Les sièges au conseil d’administration du Centre Pompidou-Metz sont répartis entre le Centre Pompidou, l’État, Metz Métropole, la Région Grand Est et la Ville de Metz, avec deux personnalités qualifiées et deux représentants du personnel.